Türkiye ve Japonya arasındaki dostluk bağları 130 yılı aşkın uzun ve köklü bir geçmişe sahiptir.

İmparator Meiji ve Sultan Abdülhamid dönemlerinde 1887 yılında Prens Komatsu İstanbul’u ziyaret etmiş, Özel Temsilci tayin edilen Amiral Osman Paşa’nın komutanlığında Ertuğrul Fırkateyni iadeyi ziyaret amacıylaiki yıl sonraJaponya’ya gönderilmiştir.

Türkiye ile Japonya arasındaki diplomatik ilişkiler 1924 yılında resmen tesis edilmiş, ertesi yıl karşılıklı olarak Büyükelçilikler açılmıştır.

Türkiye Cumhuriyeti Tokyo Büyükelçiliği 7 Temmuz 1925 tarihinde hizmete girmiş, Japonya nezdindeki ilk temsilcimiz Hulusi Fuad Bey (Tugay) 1925-1929 yılları arasında Geçici Maslahatgüzar sıfatıyla görev yapmıştır.

İlk Büyükelçimiz Cevad Bey (Ezine) 16 Nisan 1929 tarihinde İmparator Showa’ya güven mektubunu sunmuştur.

Büyükelçiliğimiz Japonya’nın önde gelen mimarı Tange Kenzo tarafından tasarlanan ve 1977 yılında tamamlanan mevcut binasında hizmet vermektedir.

Türkiye Cumhuriyeti Tokyo Büyükelçiliği aynı zamanda Palau ve Mikronezya ada ülkelerine de akreditedir.